En la Copa de la UEFA se sufrió muchísimo para eliminar en la prórroga al engorroso Iraklis griego, y en la segunda ronda el rival fue la potente AS Roma, manchester united camiseta con un polémico partido de ida en el Luis Casanova donde anularon dos goles legales al camiseta united Valencia. Al término de la temporada, el club interpuso una denuncia al R. C. D. Mallorca con la intención de ocupar la plaza de Europa League que le correspondía a este último, ya que el equipo balear había entrado en situación concursal, equipacion manchester united por lo que finalmente el Villarreal consiguió participar en dicha competición (pese a que la reglamentación UEFA no reflejaba ninguna medida contra un equipo en acogido a la Ley Concursal en el momento en el que la UEFA vetó la participación de los bermellones).
